體外蛋白表現（Cell-free Protein expression system）系統粗分為下列兩種型式：

RNA-based的樣本包含RNA、mRNA或體外合成的轉錄片段；而NA-based為質體或含有位於轉錄啟動子和轉譯起始點的基因（例如PCR/RTPCR產物）。選擇適當的蛋白表現系統需考量幾個因素，其中包括基因的來源(真核/原核)、起始樣本類型(RNA或DNA)以及蛋白的後續應用等等，不一而足。